Steinbrüche beherbergen viele Pflanzen und Tiere, deren angestammte Lebensräume durch andere Eingriffe des Menschen in die Natur fast verschwunden sind. Die verschiedenen Arten aus Flora und Fauna erobern schnell Bereiche, in denen der Abbau bereits abgeschlossen, aber auch solche, in denen er noch in vollem Gange ist.

Das Nebeneinander von trockenen und feuchten Biotopen macht Steinbrüche zu einem idealen Lebensraum für zahlreiche Tierarten wie Reptilien, Vögel und Insekten. Im sogenannten Steinbruchtiefsten bilden sich durch zufließendes Oberflächenwasser Tümpel und Weiher, in den Felswänden wachsen Sträucher, Bäume und neben Blumen eine Vielzahl anderer Pflanzen. 50 Prozent der Uhus in Bayern etwa leben in Steinbrüchen und teilen sich mit Turmfalken, Wildenten und Flussregenpfeifern das Revier. Auch seltene Arten wie zum Beispiel Gelbbauchunken und Hermeline sind häufig dort zu finden.In den Felsen, Tümpeln und dicht bewachsenen Flächen der Steinbrüche finden sie Unterschlupf, Nahrung sowie Schutz vor Feinden und können in Ruhe ihren Nachwuchs aufziehen. Die Seen des Steinbruchtiefsten bieten Fröschen, Echsen und Fischen beste Lebensbedingungen.

Von dem Lärm und den Erschütterungen, die die Sprengungen und die schweren Maschinen verursachen, lassen sich die Tiere wenig stören. Auch am Grund des Neustifter Steinbruchs ist 246 Meter über dem Meeresspiegel ein echtes Feuchtbiotop entstanden, während die Ostwand und Teile der Südwand unter den durch natürliche Sukzession entstandenen Sträuchern und Bäumen fast nicht mehr zu sehen sind. Wenn in einigen Jahrzehnten der Granitvorrat erschöpft ist, wird aus dem kleinen Weiher nach Einstellung der Wasserhaltung ein tiefer See werden, eine Oase der Ruhe und Erholung für Mensch und Tier. Viele aufgelassene Steinbrüche sind heute Naturparks oder genießen den Status von Naturschutzgebieten.